这是个人与机甲兽共存的世界——M（Matrix），人们依据空间的远近将世界划为多个位面，并组建起了“名塔联邦”，过着繁荣与和平的生活。可是，“魔龙”的出现打破了这世界的平静。

　　机甲兽的体内有一种叫“晶核”的存在，通过与特定的人类——“适格者”的灵魂进行共振同步，可以解放晶核，释放出巨大的能量。然而，部分机甲兽依靠特殊的程序——RgX自行解放了晶核，但同时使得晶核受到污染，这些机甲兽被称为“异端”。作为最强大的异端机甲兽，魔龙聚集起大军侵占了多个位面，企图建立起魔龙帝国！

　　为了阻止魔龙的野心，重新找回和平的生活，一批拥有优秀灵魂的适格者被挑选了出来，你就是其中一员！

　　作为年轻的选中者，快与你的机甲兽共同踏上成长之路吧，成为名塔人抵抗魔龙的希望之光！一个勇者的传说，将由你来谱写。前进吧，勇者！